In diesem Teilprojekt wird die Artenvielfalt in Wäldern und Fließgewässern in den drei Schutzzonen des Biosphärenreservats Pfälzerwald-Nordvogesen ermittelt. Die Schwerpunkte der Untersuchungen liegen im Lebensraum Wald bei Pflanzen (v.a. Gehölze) und Invertebraten (v.a. Spinnen und Insekten), und im Lebensraum Fließgewässer bei Pflanzen (Ufer, Wasserpflanzen), aquatischen Makroinvertebraten (z.B. Libellenlarven, Steinfliegen) sowie aquatischen Vertebraten (Fische). 

Ein weiterer Fokus liegt insbesondere auf dem Vorkommen und der Verbreitung von naturschutzrelevanten Arten. Um ein mögllichst breites Spektrum an Organismengruppen erfassen zu können, werden moderne genetische Methoden zur Bestimmung der Arten verwendet (DNA-Metabarcoding). Die Erfassungen werden dabei mit standardisierten Methoden vorgenommen, die sich an bereits bestehende Monitoringprogramme anlehnen (z.B. Insektenmonitoring Deutschlands, FFH-Rahmenrichtlinie).