Der Forschungsschwerpunkt Angewandte Evolutionsökologie befasst sich mit der Dynamik von biologischer Diversität und Populationsdynamiken. Wichtige Faktoren sind anthropogene Veränderungen in Ökosystemen. Erkenntnisse und Theorien der modernen Ökologie und Evolutionsbiologie werden genutzt, um aktuelle Umweltprobleme zu bearbeiten und zukunftsorientiertes Handeln zu ermöglichen. Im Fokus stehen dabei der Schutz und das Management der genetischen Vielfalt heimischer Fischarten und ihrer Lebensräume.
Die Leitfrage des Forschungsbereiches lautet: Wie kann das evolutionäre Potential heimischer Fische nachhaltig gesichert werden?