Der Forschungsschwerpunkt Funktionelle Biodiversität befasst sich mit dem Zusammenhang von biologischer Vielfalt und ökologischen Prozessen. Das Hauptaugenmerk liegt auf Energieflüssen innerhalb aquatischer und terrestrischer Systeme sowie deren Übergangsbereichen. Die zentrale Fragestellung lautet, inwieweit verschiedene Aspekte des globalen Wandels, wie zum Beispiel Landnutzungsänderungen und invasive Arten, die Wechselwirkung zwischen biologischer Vielfalt und ökologischen Prozessen beeinflussen können. Zur Beantwortung dieser Fragestellung werden eine Reihe verschiedener experimenteller Ansätze genutzt, von Experimenten im Labor bis hin zu Studien im Freiland, um zugrundeliegende Ursache-Wirkungs-Mechanismen zu erkennen.