eDNA-Metabarcoding (environmental-DNA = Umwelt-DNA) ermöglicht die standardisierte Erfassung und Artbestimmung von Tieren und anderen Organismen in den untersuchten Gewässern mit Hilfe von standardisierten kurzen Genabschnitten, sogenannten molekularen Markern. In Verbindung mit einer Referenzdatenbank erlaubt diese Methode die effizientere Erfassung des Artenspektrums eines Stand­ortes als mit herkömmlichen Methoden (Bista, et al. 2017; Harvey, et al. 2017). Im Gegensatz zu den klassischen Verfahren müssen keine Organismen mehr müh­sam und trotzdem unvollständig gesammelt werden, da die DNA der Zielorganismen direkt aus dem Wasser heraus­gefiltert werden kann ohne die Fauna gezielt zu beproben. Dieses Verfahren ist schnell, kosten­sparend und vor allem geeignet, die Fauna standardisiert zu erfassen (Shaw et al. 2016). Taxono­misches Expertenwissen ist für die Bestimmung solcher Proben nicht mehr erforderlich.

StygoTracing, ermöglicht die hochauflösende Beschreibung von Wasser­flüssen in der Landschaft und in Trinkwasserversorgungsanlagen (TVA) anhand der Verteilung ausgewählter Tierarten und ist im Gegensatz zu anderen Methoden wenig invasiv und gleichzeitig großflächig anwendbar (van den Berg-Stein et al. 2019). Mit StygoTracing lassen sich hydrologische Zusammenhänge mit Hilfe von biologischen Tracern darstellen. Es ist ein neuartiges, populationsgenetisches Verfahren, das auf der Anwendung von sogenannten DNA-Mikrosatelliten basiert, ähnlich wie ein Vaterschaftstest. Ermittelt wird der Grad der genetischen Ähnlichkeit von Individuen und Populationen: Je höher die genetische Ähnlichkeit zwischen zwei Individuen, desto größer ist die Wahrscheinlichkeit, dass die beiden Ursprungspopulationen miteinander im Austausch stehen und umso intensiver sind die hydrologischen Wechsel­wirkungen zwischen den Standorten.