La diversité génétique intraspécifique, c'est-à-dire au sein d'une même espèce, décrit l’ampleur des différences génétiques entre les individus et les populations d'une même espèce. Une diversité génétique élevée contribue au maintien de populations saines. Elle leur permet de mieux s’adapter aux conditions changeantes de leur environnement, notamment face au changement global. 

L'objectif de ce sous-projet est d'évaluer la diversité génétique d'espèces cibles. Ces espèces, sélectionnées pour leur importance en matière de protection de la nature dans la région du Rhin supérieur, comprendront des plantes et des animaux vivant en milieu aquatique ou terrestre. D'une part, la diversité génétique de leurs populations sera comparée entre les zones protégées et le « paysage ordinaire » (hors zones protégées), afin de valider l’efficacité des mesures de protection déjà mises en place. D'autre part, l’évolution de la diversité génétique au fil du temps sera étudiée : pour cela, des échantillons historiques issus de collections de musées seront comparés à des échantillons récents (rééchantillonnage sur les lieux de collecte du matériel de musée).