Ce sous-projet vise à mesurer la diversité des espèces dans les forêts et les cours d'eau des trois zones de la réserve. Dans le milieu forestier, l’étude portera sur les plantes (notamment les arbres et arbustes) et les invertébrés (en particulier les araignées et les insectes). Dans le milieu aquatique, les travaux se concentreront sur les plantes (rives, plantes aquatiques), les macroinvertébrés aquatiques (par exemple les larves de libellules, les plécoptères) et les vertébrés aquatiques (poissons). 

Une attention particulière sera portée à la présence et la répartition des espèces cibles, c'est-à-dire des espèces importantes pour la protection de la nature. Afin de recenser autant d'organismes que possible, les espèces seront identifiées grâce à des méthodes génétiques modernes (métabarcoding de l'ADN). Les inventaires seront réalisés à l'aide de méthodes standardisées, qui s'inspirent de programmes de suivi déjà existants (par exemple le suivi des insectes en Allemagne, la directive DHFF).